수자원전문대학원은 △수자원 관리 및 설계기술 △물처리 및 확보 기술 △IT기반 수자원 운영 및 모니터링 기술 △수자원에너지 기술 등 4개 기술분야 및 글로벌 물산업 분야의 특화된 교육과정을 통하여 미래 물산업 시장에 적극적으로 대응할 수 있는 인력 양성을 위한 석·박사교육과정이다.
현재 2013학년도 전기 석사 20명 및 박사 10명의 신입생을 모집하고 있는데, 입학생들은 전학기 수업료 전액이 지원되며(국토해양부 5년간 지원), 국내외 현장에서 다양한 인턴실습 기회도 제공한다.
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