건국대 경영전문대학원은 이공계 인력을 중심으로 기술경영에 특화한 MOT(Management of Technology) MBA와 일반경영에 특화한 TOP(Top Of your Profession) MBA 등 두 분야로 나눠 경영전문 인력을 양성하고 있다.
건국대 MBA는 미국 스탠퍼드대와 다양한 교류협력을 추진하고 건국대 ‘밀러MOT스쿨’ 명예원장인 밀러 교수와의 협력 및 스탠퍼드대의 우수 프로그램을 반영한 교과과정을 개발했다.
또 일본 와세다대와 대만 칭화대,중국의 자오퉁대 등 협력 대학과의 학술 교류와 같은 글로벌 연계교육을 실시하거나 추진하고 있다.
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