한편, 자사고와 특목고는 교육의 목적이 다르다. 특목고는 '특수 분야의 전문적인 교육을 목적으로 하는 고등학교'로 1973년 도입됐다. 실업계 고등학교를 시작으로 1987년 과학고등학교가 추가됐고 1992년 외국어 고등학교가 추가됐다. 이후에는 1993년 체육고등학교와 예술고등학교, 1998년에는 국제고등학교, 2010년에는 마이스터고등학교가 추가됐다.
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