협의회는 성명서에서 “국과위가 출범을 앞두고 있으나 연구개발예산 배분조정권 등 확보에 난항을 겪고 있고 민간 전문가 영입 및 채용 규모가 축소되는 등 국가과학기술의 컨트롤 타워 역할을 제대로 수행하지 못할 것으로 우려되고 있다”며 “동시에 출연연의 국과위 이관과 출연연 활성화도 기대하기 어려워지고 있다”고 지적했다.
협의회는 이어 “국과위가 예산 배분조정권을 갖도록 하고 출연연의 연구환경이 조속히 개선하고 교육과학기술부 기초기술연구회와 지식경제부 산업기술연구회로 이원화된 출연연을 국과위 산하로 일원화해야 한다”고 강조했다.
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