남북통합연구센터는 '아래로부터의 통일'을 준비하는 것을 목표로 정치와 경제뿐 아니라 문화, 심리, 법률, 교통, 과학기술 등 다양한 분야에 걸쳐 남북한 주민의 실생활과 직결되는 미시적 연구를 담당하게 된다.
비무장지대(DMZ) 세계평화공원 건설 방안도 주요 연구 주제에 포함된다.
통일연구원은 "옛 서독은 통일에 대비해 동·서독의 교통신호 체계나 초등학교 교육과정을 통합하는 문제까지 연구했다"며 남북통합연구센터도 이 같은 연구를 통해 "통일을 준비하고 기초를 다지는 역할을 할 것"이라고 설명했다.
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