기보는 중장기계획을 통해 수도권의 산업 집중현상을 해소하고 지방경제를 활성화하고자 2012년부터 지방중소기업에 대한 지원을 확대해 왔다. 수도권에 집중된 보증을 지방중소기업에 절반이상 배분되도록 정책을 변경하면서, 신규보증공급은 2013년 49.6%, 2014년 51.4%, 2015년 52.7%로 지속적으로 증가했다.
기보는 제도개선을 통해 지방창업기업의 지원 대상기업을 완화(창업 후 3년 → 창업 후 5년)하고, 지역주력산업의 지원 대상 업종을 확대(377개 → 603개)해 신규보증의 절반이 넘는 금액을 지속적으로 지방중소기업에 지원할 수 있었다.
이밖에도 지방중소기업에 대해서는 보증료를 최대 0.3%포인트 감면하고 지역주력산업, 기술유망중소기업, 수도권지역에서 지방으로 이전하는 기업, 지방창업기업 등의 보증심사를 완화하는 등 다양한 우대정책을 시행하고 있다.
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