잦은 강우가 지속되는 장마철에는 고추밭에 배수로를 정비해 습해와 토양 병해의 확산을 조기에 차단하고, 특히 장마기에 많이 발생하는 역병과 탄저병의 방제를 위해 예방적으로 보호용 약제를 뿌리는 등 장마철 병해충 피해에 대비해야 한다.
토양으로 전염되는 역병, 풋마름병(청고병) 등이 발생했을 때는 병든 포기는 빨리 제거하고 적용약제를 고추 두둑에 관주해주고, 탄저병 발병 시에는 전염을 막기 위해 병든 과실은 즉시 제거한 후, 비가 그친 틈을 이용해 치료용 적용약제를 전착제와 혼용하여 살포해 주어야 한다.
또한 장마기간 중에는 광합성 능력이 떨어지기 때문에 식물체가 연약해지기 쉬우므로 요소 0.2%액이나 4종 복합비료를 5∼7일 간격으로 2∼3회 뿌려 세력을 회복시켜 주면 큰 효과를 볼 수 있다.
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